Nyköping-Östgötalänken AB bildades 2001 och har nu följande ägare:
Botkyrka kommun
Trosa kommun
Nyköpings kommun
Oxelösunds kommun
Norrköpings kommun
Linköpings kommun
Mjölby kommun
Regionförbundet Sörmland
Regionförbundet Östsam
Dessutom är Södertälje kommun samt Östsvenska Handelskammaren adjungerade till bolaget. Delar av Södertälje kommun berörs direkt av Ostlänken.